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Le Ministère de la Santé dispose de quatre (04) directions centrales, sept (07) directions techniques et couvrent six (06) directions départementales.

Les trois (03) Directions Centrales :

- La Direction de l’Informatique et de Pré-Archivage (DIP)

- La Direction l’Administration et des Finances (DAF)

- La Direction de la Programmation et de la Prospective (DPP)

Les sept (07) Directions Techniques sont :

- La Direction des Infrastructures, des Equipements et de la Maintenance (DIEM)

- La Direction Nationale des Hopitaux (DNH)

- La Direction Nationale de la Santé Publique (DNSP)

- La Direction de la Recherche, de la Formation et de la Médecine Traditionnelle (DRFMT)

- La Direction de la Santé de la Mère et de l’Enfant (DSME)

- La Direction de la Pharmacie, du Médicament et des Explorations Diagnostiques (DPMED)

- La Direction des Soins Infirmiers et Obstétricaux (DSIO)

Les six (06) Directions Départementales sont :

Les Directions Départementales de la Santé (DDS) représentent le niveau intermédiaire du système de santé. Elles sont placées sous l’autorité du Secrétaire Général du ministère. Dans le département, le Directeur départemental est placé sous l’autorité du Préfet du département et participe à la conférence administrative départementale pour la mise en cohérence des interventions de l’état dans le département. C’est l’organe de programmation, d’intégration de coordination de toutes les actions de santé au niveau du département. Elles supervisent les structures de santé des niveaux intermédiaire et périphérique. On distingue :

- La DDS Atlantique/Littoral

- La DDS Ouémé/Plateau

- La DDS Mono/Couffo

- La DDS Zou/Collines

- La DDS Borgou/Alibori

- La DDS Atacora/Donga

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